Ujian Terbuka Program Doktor FK-KMK UGM Atas Nama dr. Hilmi Muhammad, Sp.OT. Subsp.A(K)

Disertasi:
Studi Epigenetik dan Analisis Ekspresi miRNA pada Deformitas Varus Recurrent Idiopathic CTEV sebagai Prediktor Rekurensi

Tim Pembimbing:

  • Prof. dr. Sofia Mubarika, M.Med.Sc., Ph.D.
  • dr. Rahadyan Magetsari, Sp.OT(K)., FICS., Ph.D.

Latar Belakang: Congenital Talipes Equinovarus (CTEV) atau clubfoot adalah kelainan bawaan pada anak yang belum diketahui secara pasti penyebabnya (idiopathic), namun diperkirakan adalah faktor genetik. Idiopathic CTEV dapat bersifat recurrent maupun non-recurrent. Sampai saat ini, belum ada penelitian yang mengeksplorasi profil miRNA sebagai regulator ekspresi gen dan sebagai biomarker recurrent maupun non-recurrent idiopathic CTEV dengan sampel biologik orang Indonesia.

Tujuan:  Menganalisis ekspresi miRNA dan mencari target gen terpengaruh yang berpotensi menjadi penyebab idiopathic CTEV, serta faktor epigenetik (lingkungan dan gaya hidup) yang berperan dalam deformitas varus recurrent idiopathic CTEV di Indonesia.

Metode: Studi cross sectional ini melibatkan 12 balita laki-laki berusia 2–2.5 tahun yang dibagi menjadi tiga kelompok yaitu recurrent idiopathic CTEV, non-recurrent idiopathic CTEV, dan kontrol. Analisis profil miRNA (discovery phase) dilakukan dengan NanoString nCounter untuk mengidentifikasi miRNA terkait, dilanjutkan dengan validasi menggunakan qRT-PCR.

Hasil: Pada kelompok recurrent idiopathic CTEV vs non-recurrent idiopathic CTEV didapatkan 1 miRNA upregulated yaitu miR-423-5p dan 28 downregulated. kelompok non-recurrent idiopathic CTEV vs kontrol didapatkan 58 upregulated dan 2 downregulated yaitu miR-26a-5p dan miR-548d-5p. Kelompok recurrent idiopathic CTEV vs kontrol didapatkan 34 upregulated dan satu downregulated yaitu miR-299-3p. Kelompok idiopathic CTEV vs kontrol didapatkan 96 upregulated dan satu downregulated yaitu miR-26a-5p. Hasil qRT-PCR, pada recurrent idiopathic CTEV, didapatkan peningkatan ekspresi miR-423-5p jika dibandingkan dengan non-recurrent idiopathic CTEV maupun kontrol. Pada recurrent dan non-recurrent idiopathic CTEV didapatkan peningkatan ekspresi miR-584-5p dibandingkan dengan kontrol. Gen yang terpengaruh adalah ZZZ3 dan IGF1R, di mana berdasarkan hasil qRT-PCR dan elektroforesis kedua gen ini mengalami supresi.

Kesimpulan: miR-584-5p berpotensi menjadi biomarker idiopathic CTEV, sedangkan miR-423-5p berpotensi menjadi biomarker rekurensi idiopathic CTEV.

Kata kunci: Idiopathic CTEV, recurrent, miRNA, epigenetik, nanostring