Video Abstract | Molecular Epidemiology of SARS-CoV-2 Isolated from COVID-19 Family Clusters
Researchers:
Gunadi, Hendra Wibawa, Mohamad Saifudin Hakim, Marcellus, Ika Trisnawati, Riat El Khair, Rina Triasih, Irene, Afiahayati, Kristy Iskandar, Siswanto, Nungki Anggorowati, Edwin Widyanto Daniwijaya, Endah Supriyati, Dwi Aris Agung Nugrahaningsih, Eko Budiono, Heni Retnowulan, Yunika Puspadewi, Ira Puspitawati, Osman Sianipar, Dwiki Afandy, Susan Simanjaya, William Widitjiarso, Dyah Ayu Puspitarani, Fadil Fahri, Untung Riawan, Aditya Rifqi Fauzi, Alvin Santoso Kalim, Nur Rahmi Ananda, Amalia Setyati, Dwikisworo Setyowireni, Ida Safitri Laksanawati, Eggi Arguni, Titik Nuryastuti, Tri Wibawa on behalf of the Yogyakarta-Central Java COVID-19 study group
Keywords:
COVID19 severity, Family cluster, Multiple spike protein mutations, Phylogenetic analysis, SARSCoV2 transmission, Whole genome sequencing
Published: 1 Juni 2021
Saat ini, banyak negara di seluruh dunia masih berjuang untuk mengendalikan pandemi COVID-19, termasuk Indonesia. Pada 15 April 2021, Indonesia mencatat 1.583.182 kasus terkonfirmasi COVID-19 dengan 42.906 kematian dan angka infeksi sekitar 6000 kasus/hari. Salah satu faktor terpenting yang mempengaruhi cepatnya penyebaran COVID-19 adalah penularan dalam keluarga. Transmisi dalam keluarga dan beberapa mutasi protein memiliki kaitan dengan transmisi cepat SARS-CoV-2. Genomic Epidemiology dilakukan untuk mengidentifikasi sumber infeksi SARS-CoV-2. Pada penelitian ini dilakukan karakterisasi genom lengkap SARS-CoV-2 dan mengkorelasikan sekuens dengan data epidemiologi dalam klaster famili di Indonesia. Selain itu, dilakukan analisis filogenetik terhadap seluruh sampel dari Yogyakarta dan Jawa Tengah, Indonesia, dengan melibatkan klaster keluarga, dan data virus dari wilayah lain di Indonesia.
Studi Ini merupakan laporan komprehensif pertama yang mengaitkan urutan genom lengkap SARS-CoV-2 dengan data epidemiologis dalam kelompok keluarga. Analisis filogenetik menunjukkan ketiga virus dari klaster keluarga 1 membentuk kelompok monofiletik, sedangkan virus dari klaster keluarga 2 membentuk kelompok polifiletik yang menunjukkan kemungkinan adanya sumber infeksi yang berbeda. Studi ini menunjukkan tentang bagaimana mutasi protein lonjakan yang sama di antara anggota keluarga yang sama mungkin menunjukkan hasil penyakit yang berbeda.
